Die gewaltigen Veränderungen in Europa ab 1989 und die Wiedervereinigung Deutschlands rüttelten auch die Junge Union Köln erheblich durcheinander. Der Informationshunger der ehemaligen DDR-Bürger, die Wahlkämpfe und der Wiederaufbau der Parteiorganisation in den neuen Bundesländern musste von den Parteigliederungen der alten Bundesrepublik befriedigt und organisiert werden. Auch die Junge Union Köln leistete im Zusammenspiel mit der CDU einen großen Beitrag.

Der Zusammenbruch des SED-Regimes, die Öffnung der Mauer und die nunmehr folgenden freien Wahlen in der DDR entfachten auch in der Jungen Union Köln Begeisterung und Euphorie. Analog dem CDU-Kreisverband übernahm die Junge Union die „Versorgung“ von Cottbus. Plakatierungen, Standaktionen, Podiumsveranstaltungen, Organisieren von Spenden usw. wurden von der Jungen Union Köln organisiert und ausgeführt. 

1993 folgte Stefan Götz als Vorsitzender auf Hans Herbert Bock. Unterstützt wurde er dabei durch einen neuen Kreisvorstand, einer Mischung aus älteren und jüngeren Mitgliedern wie Silke Wiedenbeck, Michael Gather, Kai Kurschligen, Helmut Schmidt, Jürgen Schuiszill.

Die Junge Union Köln wurde dabei in einem erheblichen Umfang reformiert. Der Kreisrat, in früheren Zeiten ein ständiger Unruheherd infolge der darin vertretenden „Stadtbezirksfürsten“, wurde durch eine frei gewählte Antragskommission ersetzt. Die Arbeitskreise der Jungen Union, einer der traditionellen Pfeiler ihrer politischen Arbeit, erhielten ein direktes Antragsrecht für die Kreisdelegiertenversammlungen. Eine weitreichende Reform von den Delegiertenversammlungen weg hin zu Mitgliederversammlungen konnte sich bis zu diesem Zeitpunkt jedoch nicht durchsetzen.

1994 gelang es der Jungen Union Köln die Schüler Union wieder zu beleben, welche seitdem wieder beachtliche Aktivitäten entfalten konnte.

Die „neue“ Junge Union hat allerdings auch einige Rückschläge zu verkraften gehabt. Der wichtigste ist die Einführung eines eigenen Mitgliedsbeitrages. Die von eigenen Sparzwängen „eingeengte“ Unterstützung von Seiten der Mutterpartei und der faktische Zusammenbruch der Zuschüsse von staatlicher Seite zwangen die Junge Union 1994 zu diesem Schritt.

Nach der Reorganisation ab 1993 kann die Junge Union Köln in der Folge einige politisch beachtliche Erfolge erzielen. Bei der Erstellung des Kommunalwahlprogramms der CDU für Köln konnte die Junge Union einen Großteil der Forderungen ihres eigenen Kommunalwahlprogramms durchsetzen. Dieser Einsatz wurde belohnt: die Junge Union stellte aus ihren Reihen wieder zwei Mitglieder des Kölner Rates sowie zahlreiche Bezirksvertreter – der größte personelle Erfolg seit Jahren. Doch nicht nur öffentliche Ämter konnten errungen werden, sondern auch verlorene innerparteiliche Positionen in der CDU und auf höheren JU-Ebenen.

Eine Vorreiterrolle in programmatischer Hinsicht konnte die Junge Union Köln mit ihrem Thesenpapier „Lean Cologne“ von 1994 einnehmen, in dem sie die Verschlankung der Verwaltung und die Privatisierung städtischer Gesellschaften forderte. Mit diesem Vorsprung dominierten auch Mitglieder der Jungen Union die sogenannte Privatisierungskommission der CDU Köln, die sich mit der künftigen Aufgabenteilung von öffentlicher Verwaltung und der Privatwirtschaft beschäftigte. Damit ist die Junge Union programmatisch auf der Höhe der Diskussionen, die für die folgende Zeit die politische Bühne in der CDU, in Köln und im wiedervereinigten Deutschland bestimmen würde.